当方の使用しているソフトと、制作の流れを説明します。
現状、以下のソフトを使用しています。
・モデリング：「XISMO」「PmxEditor」
・動画：「MMD」「AtiUtl」「HandBrake」
すべて無料ソフトです。
■各ソフトの概要
XISMO
・モデルを１から作ります。
・モデリングのほかに、ボーンの作成、ウェイト塗り、モーフ作成ができます。
（すべて「セットアップウィンドウ」でMMDに対応させることができます）
・MMD用標準ボーンを自動で作成してくれます。
（サイズ合わせやウェイト塗りは手動です）
・pmx（MMD用モデルの拡張子）でモデルを出力できます。
【できないこと】
・準標準ボーンが足りない。PmxEditorで追加する必要があります。（親指０ボーンは手動で入れた方が綺麗に曲がります。）
PmxEditor
・XISMOで出力したpmxファイルに、準標準ボーン追加などの処理を行います。
・当方が主に使用しているプラグインは「準標準ボーン追加」「簡易左右分割モーフ作成」の２つのみです。他のプラグインは必要に応じて検討します。
※「準標準ボーン追加」：準標準ボーンを追加してくれます。出回っている殆どのモーションはこれを入れないとまともに動かないので、必須です。
※「簡易左右分割モーフ作成」：「まばたき」「笑い」モーフから、ウィンクのモーフを左右分作成してくれます。
・pmxファイル（モデル）、xmdファイル（モーション）、x,fxファイル（エフェクト）などを読込み、動画を作成します。
・wavファイルであれば、音楽も読み込むことができます。
・動画をaviファイルで出力できます。
（当方は、MMDでaviファイルを出力し、AviUtlでmp3（音楽）を追加しています。）
AviUtl
・主に、MMDで出力したaviファイル（無音動画）にmp3ファイル（音楽）を追加する作業に使用しています。
・フレーム単位で、動画や音楽の開始位置、終了位置を指定することができます。
・その他、メディアのトリミング、アンチエイリアスやモザイクなどのフィルターをかけるなど、できることが多いです。
・プラグイン追加により、mp4ファイルで動画を出力できます。
（各動画サイトで投稿できるのはほどんどmp4です）
が、当方は失敗することが多いので、ここではaviファイルで出力し、HandBrakeでmp4に変換しています。
HandBrake
・AviUtlで出力したaviファイルを、mp4ファイルに変換します。
・他に、hh:mm:ssの開始終了位置を指定する形で、簡単なトリミングができます。
（フェードイン、フェードアウトの方法は探したけど見つけられませんでした）
■各ソフトの使用方法について
・各ソフトの使用方法は、わかりやすい解説記事や動画がたくさんあるので割愛しますが、おすすめを下記に掲載します。
・XISMOのモデリング方法は、下記の開発者様のチュートリアル動画にて、使い方がほぼわかるようになっています。
・ボーンの用意とウェイト塗りはSTEP2で解説されています。
・MMDのモーション修正についてはこちらの解説動画が大変わかりやすかったです。
（モデルによって、モーションをそのまま流し込むだけだと、手足の角度が強すぎたり浅すぎたりして、体にめり込んだり動きが破綻することがよくあります。それの修正解説です。）
